上海浦东水产协会是会员大会的执行机构，在会员大会闭会期间领导本会开展日常工作，对会员大会负责。 
理事会的职权是： 
    （一）执行会员大会的决议； 
    （二）选举和罢免会长、副会长； 
    （三）召开会员大会，并向会员大会报告工作和财务状况； 
    （四）决定会员的除名； 
    （五）决定分支机构，代表机构和实体机构的设立和撤销； 
    （六）决定分支机构，代表机构和实体机构的主要负责人的聘任和免职; 
    （七）根据会长的提名，决定秘书长人选的聘免； 
    （八）根据秘书长的提名，决定副秘书长人选的聘免； 
    （九）领导各机构开展工作； 
    （十）制定和完善财务等各项管理制度； 
    （十一）聘请协会名誉会长、顾问; 
    （十二）决定其它重大事项。 
理事会须有三分之二以上理事出席方能召开，其决议须经到会理事三分之二以上通过方能生效。 
理事会每年至少召开一次会议，情况特殊可随时召开。理事如离开所在单位，视为自动免职，理事单位应及时更换理事。 
本会不设常务理事会。